为深入贯彻落实国家科技创新战略部署，优化省医科院学科布局，坚实依托我院平台资源，整合原免疫研究所（1981年创立）与转化医学研究中心（2018年组建）优势学科，于2023年8月正式成立福建省医学科学研究院基础医学研究所。内设中心实验室、明正司法鉴定所，配备生物安全二级（BSL-2）实验室、临床基因检验（PCR）实验室等，为科研与鉴定工作筑牢了坚实的硬件基础。
　　基础医学研究所专注医学科研前沿，以实现重大突破为核心。通过构建跨学科交流平台，融合医学、生物学、信息科学、材料科学等多领域资源，着力打造深度融合的科研生态，强化学科交融、理念创新、技术协同，催生科研成果。注重培养高层次创新型人才，建设硕博工作站，培养具有国际视野的学科带头人。同时，践行产学研深度融合机制，主动对接药企和医疗机构，加速科研成果转化。
　　1996年，基础医学研究所率先将HLA技术创新性地应用于亲子鉴定领域。2000年，积极引进PCR-STR DNA分型技术，进一步提升鉴定的精准度。2002年，经福建省司法厅批准，正式成立“明正司法鉴定所”，成为福建省首批获得司法厅核准的司法鉴定机构，在业内树立了权威地位。
　　基础医学研究所中心实验室汇聚了分子生物学实验室、组织病理学实验室以及斑马鱼实验室等多个专业实验平台。我所科研团队致力于肿瘤免疫、内分泌相关疾病的临床应用与基础医学研究，同时开展神经能量代谢的基础与临床应用研究。依托多组学技术平台，基础医学研究所不仅在重点领域形成跨尺度研究体系，更具备了开展基础医学的系统性研究能力。
　　基础医学研究所斑马鱼研究平台自2018年起系统性构建，现已形成完备的斑马鱼模型研究技术体系。目前拥有两套规范化独立斑马鱼养殖系统，一套包含拉针仪与磨针仪的显微注射系统、一套配备体视显微镜与倒置荧光显微镜的成像分析系统。依托先进设备，成功繁育出AB系、性腺、胰腺、血管、神经系统、甲状腺、骨组织等多种荧光品系转基因斑马鱼，能够独立开展斑马鱼毒理、肿瘤异种移植模型、药物筛选、化妆品毒性测试与研发、分子机制研究等一系列相关科研工作，在斑马鱼研究领域取得了显著的成果。
　　如今，基础医学研究所已构建“基础研究、技术开发、成果转化”的科研体系，拥有一支结构合理、素质过硬的科研队伍，凭借着专业的知识和技术，取得系统性创新成果。累计承担省级、厅级科研课题50余项，在《Cell Proliferation》《Food Chem Toxicol》《Vaccines (Basel)》等国内外知名学术刊物上发表论文100余篇，荣获省科技进步奖及省医学卫生科技进步奖10余项，获得多项发明和实用新型专利，展现了强大的科研创新能力，为医院临床工作以及社会公众提供全方位、高质量的技术支持与服务，在医学领域发挥着重要的作用。