福建省医学科学研究院药物研究所（以下简称药物所）成立于1980年，是我省重点药物研究机构之一。药物所始终以寻找和研究我省常见病、多发病及疑难疾病的药物为主要方向，采用现代医药学理论和高新技术开展多学科综合性研究，主要研究方向包括抗肿瘤、降脂降糖、抗炎免疫类天然活性成分提取分离与先导化合物筛选，中药与天然药物药效物质基础与作用机制研究，中药与天然药物资源开发利用研究等。
　　药物所现有在职职工11人，其中研究员4名，副研究员2名，硕士学位以上人员占80%以上。设有生态智药、药物分析、植物化学三个课题组。建有福建省医学测试重点实验室、福建省中药资源开发利用重点研究室、国家中医药科研中药药理和中药制剂二级实验室等技术平台。药物所是福建省高级药学人才的培养基地，建有福建省中药学专业研究生创新教育基地和福建省药学专业大学生校外实践教育基地；也是福建中医药大学、福建医科大学、福建农林大学硕士研究生校外实践基地。

　　药物所已承担国家自然科学基金、国家卫健委卫教联合攻关项目、福建省重大科技专项、福建省自然科学基金等各级科研项目100多项，发表学术论文600多篇，获国家发明专利授权18项，编写出版学术著作1部，获福建省科技进步二等奖3项、三等奖4项，获福建省医学卫生科技进步奖和福建省医学科技奖8项。植物化学团队在雷公藤植物中分离并命名20多个新活性化合物，并首次报道雷公藤内脂醇抗炎活性及其作用机制，在国内外产生较大影响，并向中国食品药品检定研究院提供雷公藤内酯醇等药品标准品，为中药的质量控制、保障人民用药健康做出贡献。生态智药团队围绕福建道地药材泽泻，开展了较为系统和全面的泽泻资源开发利用研究，在全球范围内推广了建泽泻。

　　目前，药物所科研人员整合优势资源，突出重点，围绕天然药物活性物质发现、药物合成、作用机制等，以肿瘤、代谢病、感染性疾病、炎症与免疫性疾病等常见与重大疾病防治药物创制的基础和应用基础研究为重点，开展创新药物研究，为我省药物研究事业作出贡献。

　　药物所非常注重科研成果运用与普及推广工作。生态智药科技特派员团队先后至南平、泉州、三明等地开展科特派技术服务，指导企业制定产品标准，开发医药健康产品，并为企业和农户宣传中药种植、养护及生态健康养生科普知识，为科技助力乡村振兴中作出自己的贡献。另外，药物所还联合福建省聋人协会开展了遗传性、药源性耳聋遗传咨询公益活动，为预防耳聋、减少耳聋患儿出生普及遗传药学知识。