福建省医学科学研究院基础医学研究所成立于2023年8月，以福建省医学科学研究院为依托，其前身为建立于1981年的免疫学研究所及成立于2018年的转化医学研究中心。研究所重点开展免疫相关临床应用基础医学研究、干细胞相关基础及临床应用研究，同时能够从事基础医学多个领域、不同层次的高水平科学研究。目前研究所内设免疫学研究室、干细胞研究平台、斑马鱼实验平台、HLA实验室以及明正司法鉴定所，拥有生物安全级别二级（BSL-2）实验室、卫生部临检中心认证的临床基因检验（PCR）实验室和福建省司法厅核准登记的具备司法鉴定资格的司法鉴定所。
　　建所以来，研究所围绕白血病免疫、肿瘤免疫、红斑狼疮及1型糖尿病等自身免疫性疾病展开科研攻关，在不断引进与建立50余项免疫学新技术的基础上，对免疫性疾病的免疫学发病机理，诊断与预后进行了系列研究，多年来共承担省、厅级课题50余项，先后在国内外学术刊物发表论文100余篇，获省科技进步奖及省医学卫生科技进步奖10余项，获得发明和实用新型专利共8项。1995年与北京红十字会器官移植配型中心、北京儿科研究所HLA研究室及中日友好医院临床医学研究所协作，完成了我省汉族、畲族人群HLA频率调查及HLA与自身免疫性疾病的相关性研究，在此基础上成立的HLA实验室，为骨髓移植患者提供HLA配型技术，为我省血液病及其他恶性肿瘤患者的骨髓移植及外周血干细胞移植提供配型依据。1996年实验室率先将HLA技术应用于亲子鉴定，至2000年最先引进先进的PCR-STR DNA分型技术， 2002年实验室经福建省司法厅批准正式成立“明正司法鉴定所”，成为首批获得省司法厅核准的具备司法鉴定资格的鉴定机构，多年来已接受各级法院、各级公证处、公安局出入境管理处及各派出所的委托，先后完成10000多个案例的鉴定，采信率为100％。近年来，多次为以色列爆炸案中受害的中国劳工亲属进行DNA鉴定，为我国争取以色列政府赔偿提供了快速、准确的法律身份文件。与美国DNA Diagnosis Center及Long Beach Genetics,Inc.和Genetica DNA Laboratories,Inc. 等欧美国家亲子鉴定实验室多次合作，提供符合国际标准的高质量DNA鉴定结果，在我省亲子鉴定领域处于领先水平，有多家媒体作过相应的报道，在我省乃至全国享有较高的声誉。
　　人诱导多能干细胞平台集科研创新、合作交流、技术服务为一体，建立罕见病、遗传病来源的诱导多能干细胞系，为研究相关疾病机理、药物筛选系统、药物安全性评估及基因治疗提供独特模型；目前已成功建立携带c.3369-3370 insC突变的HCM特异性诱导多能干细胞系，该细胞株命名为“FJMA0001i-HCM”，保藏在中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，同时“一种携带c.3369-3370 insC突变的HCM特异性诱导多能干细胞系”已获得发明专利并发表相关论文。
　　斑马鱼研究平台于2018年起筹备建设，目前已具备有规范化独立斑马鱼养殖系统两台套、显微注射系统（含拉针仪与磨针仪）一台套、体视显微镜一台、倒置荧光显微镜一台，目前已繁育有AB系、性腺、胰腺、血管、神经系统、甲状腺、骨组织等荧光品系转基因斑马鱼，可独立开展斑马鱼毒理、肿瘤异种移植模型、药物筛选、化妆品毒性测试与研发、分子机制研究相关科研工作。
　　基础医学研究所重视人才引进与培养，不断凝练科学目标，定位于临床应用研究，注重科研体制与管理机制创新，注重创造和谐科研氛围，同时拥有一支结构合理的高素质科研队伍，为医院临床及社会公众提供多方位的技术支持和服务。